大会具体的议程分前后两段进行。上半段由会长吴孟庆主持，内容包括有“2003年-2007年中学会的工作报告”；以及“关于修改学会章程的报告”；另外还有“关于理事候选人名单的说明”等。首先由副会长兼秘书长罗伟虹作2003年至2007年的学会工作报告，她在报告中清晰无误地介绍了5年来，本学会在吴孟庆会长的领导下，由众多学会会员所取得的各种成就：包括学术活动、社会考察和出版论著等，特别是近两年来学会开展的“青年论坛”活动，分别假复旦大学和华东师大两所高校举办，成绩斐然，昭示着学会发展的蓬勃朝气。
副秘书长严耀中代刘仲宇副会长（请假缺席）所作的关于修改学会章程的报告，详尽地对有关章程变动处一一作出解释，令与会者们获悉有些章程更动和修改的内容及原因。在其发言后，吴孟庆会长主持了大会核准通过新章程的仪式，本次大会采用举手表决的方式，无人举手反对，也无人举手弃权，所有在场的与会会员一致举手通过新修订的《上海市宗教学会章程》。
副会长王雷泉在接下来的发言中对新一届学会理事会的候选人名单作了专门的说明，如年龄的因素，以及不同单位的理事及相应的推荐条件等，使参加大会的会员们了解到理事会候选人产生的情况。在他发言后，由吴孟庆会长再次主持通过新一届理事会名单的仪式，仍旧以大会举手表决的方式，在无人反对和弃权的情况下，全体举手通过新的理事会成员名单（共35人）。
随后，大会休会15分钟，由新当选的理事会成员举行本届理事会第一次会议。会议推选通过：由晏可佳担任宗教学会会长，以及曹斌、王雷泉、刘仲宇、罗伟虹、丁常云、严耀中、李向平等为副会长，葛壮为秘书长，张化、张晓林、孙向晨为副秘书长，以及由晏可佳、曹斌、葛壮三人组成的党工组，其中晏可佳为组长。
会员大会的下半段，先由续任副会长的罗伟虹宣布学会新的领导班子。然后由新接任秘书长的葛壮主持，先由原会长、现任上海市文史馆馆长的吴孟庆讲话，他在讲话中深情回顾了自己与学会共同走过的数年历程，并对学会在今后的进一步发展寄予美好的祝福。在大会主持者的提议下，所有与会者再次以热烈的掌声，向老会长作出的贡献表示了诚挚的感谢。紧接着是新担任会长的晏可佳讲话，他表示要发扬学会的优良传统，争取在今后付出更大的努力，化肩负的压力为前进的动力，和全体会员一起将学会工作搞好。在两任会长的发言后，社联领导朱耀人对学会的换届与大会的召开等表示了衷心的祝贺，并在其发言中提到以胡锦涛总书记为首的中央领导同志在近日内，对宗教工作所作的重要指示及其精神。他还代表社联领导，对宗教学会提出了三点希望。这些内容，对学会今后的工作思路都将有直接的指导意义。
在三位领导讲话后，大会进入最后的议程，即有时间限制的学术发言。首先是新当选的学会理事，上海大学的黄
从本次会员大会来看，基本上还是非常成功的。不过也有不尽如人意之处，由于时处年终岁末，不少会员甚至是理事会成员在外或访学或集体参加宗教活动，或有其它活动而分身乏术，无法莅临会场。另外，与去年和今年的两次“宗教学会青年论坛”相比，此次与会者中，年轻会员的身影并不多。以上两点，即理事会成员的到会与否，与青年会员的是否积极参与，包括需要采取怎样的激励机制和激扬人气，来充分发挥这一学术平台的作用，都是今后学会领导层在开展和组织各项活动时，必须予以考量的重要因素。